距离2021年播出的《鹿角男孩》第一季有近两年的时间，在第二季的剧情第1集，大概用了近半集的时长，主要讲述了混种人孩子们为何会置身牢笼，他们之前经历了什么，是什么力量把他们囚禁，以此唤起观众对于第一季剧集内容的记忆，并慢慢进入接下来的故事发展。

而第二季的剧情主线并不复杂，主要是被囚禁的孩子们想尽一切办法想要重获自由，而他们在牢笼之外的家人、伙伴、朋友们，则试图闯进牢笼解救他们，而剧中的反面角色继续试图利用孩子们研制疫病解药，并防止他们出逃。在主线故事讲述中，剧集铺设了关于混种人孩子更多的身世秘密和特殊之处，为第三季的故事推进设置伏笔。