第二季第一集以一场惊心动魄的炸弹和狙击枪威胁开场，夏洛克、华生和莫里亚蒂的首次正式会面紧张而充满悬疑。上一季的悬念在此刻得到了延续，而新的剧情也在此刻揭开了序幕。

夏洛克，这位举世闻名的侦探，再次面临挑战。他接受了白金汉宫的一份重要委托，然而，这一次的对手并非简单的罪犯，而是一位亦正亦邪的神秘女子——艾琳·艾德勒。她聪明、狡猾，与夏洛克旗鼓相当，更是一个让他心动的女子。她的出现，让夏洛克的生活再次充满了未知与变数。

然而，更大的危机正悄然逼近。莫里亚蒂，这位一直与夏洛克为敌的天才犯罪家，开始策划一场前所未有的阴谋。他巧妙地让公众相信，夏洛克所有的事迹全是虚构，使他从一个受人尊敬的侦探变成了名誉扫地的伪英雄。这一计策，无疑是对夏洛克的一次沉重打击。

为了彻底打垮夏洛克，莫里亚蒂设下了一个看似无解的陷阱。他迫使夏洛克跳楼，企图以此结束他的生命。然而，就在夏洛克身处绝境之时，莫里亚蒂却突然吞枪自杀。这个结局出人意料，让人不禁疑问，夏洛克是否中了他的圈套？

《波西米亚丑闻》改编。

在福尔摩斯与莫里亚蒂生死相搏的紧张时刻，一通神秘电话的到来改变了战局。电话那头，一个妖娆女人的手出现在画面中，她掌握着莫里亚蒂极度渴望的东西。与此同时，夏洛克·福尔摩斯与华生回到贝克街，继续处理各种案件。夏洛克因华生的博客成为了“网络红人”，引来更多寻求帮助的人，但大多数案件在他们眼中都显得无聊至极。

某日，贝克街迎来了一位昏倒的男子，他带来的案件是关于一个驴友的死因。夏洛克认为此案不值得他亲自出马，于是华生代替他前往现场调查。然而，在两人视频交流的过程中，贝克街突然出现了不速之客，他们要求夏洛克换上正装前往某个地点。与此同时，华生也收到了一架直升机的接送邀请。

原来，这一切都是麦考夫爵士的安排，他们被邀请到白金汉宫会见一位位高权重的委托人。这位委托人因为不雅照片落入了艾琳·艾德勒的手中而陷入困境，麦考夫希望夏洛克能够找回这些照片。就在此时，艾琳也收到了夏洛克的照片，一场关于智慧与勇气的较量悄然展开。

夏洛克装扮成被人抢劫的样子混入艾琳的家中，目睹了全裸的艾琳。艾琳毫不掩饰地指出了夏洛克的来意，而华生则在门口触发火警，使得艾琳在惊慌中看向室内的镜子，从而让夏洛克发现了保险箱的所在。就在夏洛克即将破解密码之际，几个持枪的美国人闯入房间，逼迫夏洛克打开保险箱。

面对危机，夏洛克、艾琳和华生联手制服了敌人，并趁机顺走了保险箱里的秘密手机。然而，他们随即被发现，艾琳给夏洛克注射了昏迷剂后逃走。虽然夏洛克在这次交锋中吃了亏，但他在与艾琳聊起驴友之死一案时，觉得“英雄惜英雄”，对她产生了好感。

麦考夫发现美国情报局插手此事后，警告夏洛克不要再管艾琳的事情。圣诞节时，贝克街举办了派对，夏洛克收到了艾琳的礼物——正是那个手机。在停尸库里，夏洛克发现了艾琳被毁容的尸体，情绪十分低落。然而，艾琳却突然出现带走了华生，告诉华生她没有死，希望华生可以把她的手机从夏洛克那里拿回来。夏洛克尾随华生发现艾琳还活着，精神恍惚地回到贝克街后，发现美国情报人员绑架了房东哈德森太太，要求他交出手机。夏洛克意识到手机里的东西不仅仅是艳照那么简单，他收拾了歹徒，救出了哈德森太太。

落难的艾琳来到了贝克街，手机里的密码设置是“I'm_ _ _ locked”（我被 _ _ _锁住了），需要在中间填上密码。夏洛克试了几次不成功，只好把手机交给艾琳。艾琳有一份国安局的邮件密码，夏洛克为她破解了出来，原来是恐怖分子要在航班上装炸弹的航班号。艾琳偷偷把消息发给莫里亚蒂，而后莫里亚蒂发短信给麦考夫讥讽英国情报部。麦考夫知道计划败露后，将夏洛克约了出来。

原来英国和美国都在恐怖分子高层有卧底，将炸弹计划泄露给情报部。但是为了保护卧底的安全，他们不能直接阻止恐怖袭击，于是他们就用尸体伪装乘客来迷惑恐怖分子。然而这个计划被夏洛克破解之后被艾琳透露给了和恐怖分子有联系的莫里亚蒂，导致计划失败。艾琳用手机里剩下的机密要挟麦考夫交换大笔的条件和自身的安全，她坦言是在玩弄夏洛克。

然而，夏洛克通过他们说话时艾琳脉搏加快、瞳孔放大的反应明白了艾琳对他的感情。所以他解开了密码“I'm sher locked”（我被夏洛克困住了），表明艾琳爱上了夏洛克。艾琳知道秘密不在手的自己性命难保，她请求夏洛克帮助自己，但是夏洛克什么也没说就离开了。几个月后，麦考夫来找华生，告诉他艾琳被恐怖分子斩首了，希望他不要告诉夏洛克实情，就说艾琳在美国被当做证人保护起来了。华生这样告诉夏洛克，夏洛克要求把艾琳的那个拍照手机给他保管留念。

手机里有许多艾琳给他发的短信，大多是“我们一起吃晚餐吧”，最后一条是和他道别。画面转到艾琳被斩首的现场，艾琳发送最后一条短信向夏洛克告别后认命的闭上了眼睛。但接着她听到自己给夏洛克设置的特殊的短信提示音，转头看见夏洛克伪装成恐怖分子的处斩人，对她说“我一说跑，你就跑。”夏洛克则将艾琳作为“那个女人”一直记在心里——唯一一个打败过自己的女人。

根据《巴斯克维尔的猎犬》改编。

在福尔摩斯侦探事务所的一个安静午后，夏洛克·福尔摩斯陷入了深深的无聊之中。没有大案可破的他，正苦于无处施展自己的才华。尽管华生医生一直在一旁劝阻，但福尔摩斯对尼古丁的渴望似乎已经达到了无法忍受的地步。

就在这时，事务所的门被敲响了。一位名叫亨利的年轻人走了进来，他的脸上写满了焦虑与不安。亨利来自巴斯克维尔地区，一个一直笼罩在神秘传闻中的小镇。据说，当地的军事基地正在进行着某种不可告人的生化研究，甚至有传言称，一些被改造了基因的巨型猎犬已经逃出了实验室，给当地居民带来了极大的恐慌。

亨利此行，是希望福尔摩斯能够帮助他揭开这一切的真相。他的父亲，正是在巴斯克维尔的山谷中神秘失踪，据说是被一只巨型猎犬所杀。然而，在福尔摩斯看来，这不过是亨利童年阴影下的记忆扭曲，他对此并不抱太大希望。

然而，就在亨利准备离开时，福尔摩斯突然改变了主意。他决定亲自前往巴斯克维尔，一探究竟。毕竟，对于一个侦探而言，没有什么比解开一个谜团更吸引人的了。

巴斯克维尔的风景与亨利的描述截然不同，小镇上到处都是关于巨型猎犬的传言，而这些传言也吸引了大批游客前来探险。福尔摩斯很快从一位热情的导游那里得知了一些关于巨型猎犬的信息，但这些信息似乎并不足以解开谜团。

与此同时，亨利的精神状态也在逐渐恶化。他的心理治疗似乎并没有取得太大的进展，反而让他不断回想起两个单词——“自由”和“里面”。这两个单词究竟隐藏着什么秘密？

福尔摩斯决定深入调查。他利用从哥哥麦考夫那里偷来的证件，潜入了巴斯克维尔的军事基地。然而，他并没有发现任何可疑之处。机缘巧合之下，他发现了曾经向他求助的小女孩的母亲——斯泰普顿博士，居然是这个基地的研究员。这一发现让福尔摩斯意识到，这个基地确实在进行某种不可告人的研究。

然而，就在福尔摩斯差点被发现时，弗兰克兰德博士出现了。他声称自己是亨利父亲的好友，也是福尔摩斯的粉丝，并答应为他提供帮助。在弗兰克兰德博士的掩护下，福尔摩斯得以逃脱。

福尔摩斯和华生决定再次前往亨利家中，希望他们能亲自揭开真相。然而，当他们在山谷中等待巨型猎犬的出现时，却发生了意外。亨利被吓得魂飞魄散，而福尔摩斯却声称自己并没有看到巨型猎犬。这是怎么回事？

回到旅店后，福尔摩斯向华生坦露了心声。他承认自己看到了巨型猎犬，但那种恐惧感让他无法形容。虽然心中恐惧，但他的头脑依然清晰。在谈话中，福尔摩斯透露了自己没有朋友的事实，这让华生感到十分失落。

亨利的精神状况愈发严重，这时福尔摩斯要求华生去跟亨利的心理医生莫蒂梅尔谈话。然而，他们的计划被弗兰克兰德博士打断了。在谈话中，福尔摩斯察觉到了华生的情绪低落，他向华生解释了自己没有朋友的原因，并由衷地赞美了华生。

就在此时，雷斯垂德警官出现了。他是被麦考夫特派来“休假”的，但实际上却是来协助福尔摩斯的。华生请求雷斯垂德帮忙调查一个素食餐馆，因为他在那里发现了大量的肉类订单。结果发现，这个餐馆为了招揽游客，居然偷偷养了一条大狗，并让其四处留下脚印，冒充被改造过基因的巨型猎犬。然而，当他们找到这条狗时，却发现它已经死了。

福尔摩斯和华生在麦考夫的帮助下再次潜入军事基地。他们发现了一些关于巨型猎犬的秘密档案，原来这一切都是弗兰克兰德博士的阴谋。20年前，他参与了一种名为H.O.U.N.D.的药物研制计划，这种药物可以使人产生恐惧和刺激，原本有望成为生化武器，但因对实验者的伤害太大而被取消。然而，弗兰克兰德博士却执着于自己的研究，并在秘密进行试验。亨利的父亲发现了这一切，为了阻止弗兰克兰德博士的疯狂行为，他不幸被药物所杀。这一切都被年幼的亨利看到了，但他的心灵无法承受这样的真相，于是将记忆修改成了父亲被猎犬袭击。

为了掩盖真相，弗兰克兰德博士不断暗示亨利回到山谷，使其被迫摄入那种可以把人逼疯的药物。而巨型猎犬的传言，也是他为了掩盖真相而故意散布的。

真相大白后，弗兰克兰德博士趁乱逃走，却不小心走进了雷区。他感到愧疚难当，最终引爆地雷自杀。而亨利也在福尔摩斯的帮助下，终于走出了童年的阴影，勇敢地面对了现实。

根据《最后一案》改编。

在伦敦的繁华背后，犯罪界的拿破仑——吉姆·莫里亚蒂，从未停止他的脚步。在伦敦塔、英格兰银行和伦敦本顿维尔监狱，一连串的大事件几乎同时发生，仿佛在宣告着一场世纪对决的来临。然而，对于莫里亚蒂来说，这仅仅是他与夏洛克这场小游戏的序幕。

莫里亚蒂的目标是将夏洛克塑造成一个伪英雄，让他的名誉扫地。他精心策划了一连串的事件，使得夏洛克的名声受到了严重的质疑。在公众眼中，夏洛克的事迹变得可疑，甚至被贴上了骗局的标签。

然而，在夏洛克与莫里亚蒂的终极对决中，事态的发展出乎所有人的预料。在大厦的顶楼，莫里亚蒂以夏洛克身边的朋友作为人质，逼迫他做出选择。夏洛克面临着艰难的抉择，他必须在自己的名誉和朋友的生命之间做出决定。

就在此时，已经陷入疯狂的莫里亚蒂竟然选择了自杀，以迫使夏洛克跳楼。这一幕令在场的所有人都震惊不已。而就在夏洛克准备跳楼的关键时刻，约翰突然出现在楼下。夏洛克给华生打了一个电话，承认了自己是一个骗子，并请求他将真相公之于众。然而，华生却坚信夏洛克是无辜的，他恳求夏洛克停止跳楼。

为了朋友们的生命和安全，夏洛克选择了牺牲自己。他在华生的面前跳楼身亡，留下的最后一句话是“再见，华生”。

华生在夏洛克的墓前诉说着他们的过往，回忆起夏洛克的种种事迹。他称赞夏洛克是最好的人，是他见过的最有人性的人。尽管夏洛克曾经欺骗了他，但华生却无法接受这个事实。他恳求夏洛克能再创造一个奇迹，为了他而不要死去。