1997年，介山福利院收养的少女陈佑希，因好友小秀在李家做保姆后离奇失踪，而逃离福利院来到潭岭，并假装李家失踪多年的女儿李文文潜入李家寻找线索。在小秀的“准男友”程威的帮助下，通过与其“妈妈”廖穗芳、“爸爸”李承天、廖穗芳的情人王重江等人的多重角力与周旋中，逐渐发现李家诸人的秘密与罪恶。

陈佑希告诉廖穗芳，小秀不是李文卓杀死的。李文卓虽然也掐了小秀，但是只掐了十秒，并且事后小秀还给了她一个拥抱。

廖穗芳答应给程威做证，两人相约在警局门口见面。但是廖穗芳却倒在了离警局不远处，临走前，她喝了李承天递过来的一碗汤。

最终，廖穗芳还是去世了。

王重江的小弟郑勇约了李承天在化肥厂见面，让李承天说出了自己杀了王重江，并且录下录音。郑勇将录音机给了陈佑希。

不过不得不说，千万别惹老实人，看起来能打的张勇被李承天推下楼。

幸好关键时刻警察来了，不然陈佑希也一样遇害了。

李承天只承认录音机中说的杀王重江，小秀的事情并不承认。他问警察，他这个能不能判无期，死缓。他要好好表现，等自己的女儿回来。

可是警察告诉他，他女儿文文早就死了。尸体在廖家祖坟附近挖出。当年有人去李家偷东西，洗衣机里的李文文发现了他大喊大叫。小偷放水溺死了李文文。

看到女儿发夹的照片，李承天仿佛精气神也抽没了。最终警察在树林中找到小秀的尸体。

当天是李承天的生日，但是廖穗芳在和王重江厮混。小秀掏出手帕安慰李承天，李承天手碰到小秀的手，感受到小秀的躲闪。

一直被戴绿帽子的李承天终于忍不住了，他觉得小秀也是在看不起他。所以他杀了小秀。

但是因为李文卓和小秀一直玩的游戏，所以李文卓说自己掐了小秀，廖穗芳以为是李文卓杀了小秀。

当年廖穗芳回家发现去世的女儿，她质问李文卓对妹妹做了什么。李文卓说是和妹妹玩捉迷藏，妹妹才成这样的。廖穗芳以为是儿子害死了文文，所以她悄悄埋了文文。

以至于放任杀害女儿的真凶逍遥法外多年，直到凶手去世。

李文卓小时候发烧，李承天骑着三轮车送李文卓去医院，中途车链子掉了。李承天停下来抽了支烟，将李文卓送到了医院。

送进医院时已经迟了，发烧导致的脑膜炎，卓卓从此智力受损。

一切尘埃落定后，文文和廖穗芳葬在了一起。陈佑希带着李文卓一起开了个理发店。

程威出狱后，一头板寸来到李文文的理发店求收留求理发。

《回来的女儿》设定在1997年，三位80后编剧表示这一年份选择含有主观因素，因为90年代的氛围与他们想象的故事最为契合。李家作为故事核心，其每个成员都站在变化的十字路口，这是选择90年代作为故事背景的客观原因。

该剧在铺设“小秀去哪了”这一悬疑主线的同时，也注重描绘李家一家人的亲情。编剧们强调家庭是故事发生的背景，需要占一定比例，并要确保每集剧情中谜团持续推进，保持观众好奇心，同时不失共情感。